Muratlı ilçemizin bilinen en eski yerleşimi, İnanlı deposu ve inekhanei sınırları içinde kalan ‘’Zindanlık’’ veya ‘’zindanüstü’’ yerleşimidir. Sarıbayır mevkii denilen bu yerde çıkan eski küpler ve bakır parçaları Trakya geçit yolları üzerinde M.Ö 1200-1700 tarihleri arasında burada geçici olarak yerleşen bir topluluğun varlığını göstermektedir. Bazı kişilerce Hıdır kasabası adı verilen bu yerleşim civarında höyüklerin bulunması kanaatımızı güçlendirmektedir.
Roma-Bizans dönemine ait çok az bir ize sahip (İnanlı bölgesinde Rıza Özel adındaki şahıs bir stel parçasını bulup Tekirdağ Müzesi’ne getirmiştir.) olan Muratlı Osmanlı döneminden sonra parlamaya başlamıştır.
Osmanlı şehzadeleri Gazi Süleyman Paşa ve Gazi Murat Bey’in Rumeli Fetihleri’ne başladığı dönemlerde 1357 yılı aralık ayında Gelibolu’dan sonra Malkara, Hayrabolu, Çorlu ilçelerimizi Osmanlı-Türk topraklarına dahil etmesi üzerine Çorlu dönüşü Muratlı’ya gelinmiş, Gazi Süleyman Paşa’nın Gelibolu’ya dönmesinden sonra Muratlı, Tekirdağ (o zaman Rhaedestus) ve Bontuz (Barbaros-Panium) hisarı 1357 yılının Aralık ayının ilk haftasında Türk topraklarına dahil edilmiştir. Başka bir ifade ile Muratlı ilçemiz 650 yıl evvel Türk topraklarına katılmıştır.
Rivayete göre;
O zamanlar şehzade sonra 3. Osmanlı padişahı olan Gazi Murat Bey, fethettiği Muratlı Ovası’na hakim bir yamaca (bugün yeni yapılan hastane ve Anadolu Lisesi’nin bulunduğu yer) otağını kurmuş çok beğendiği bu yöreye Muradeli isminin verilmesini ferman buyurmuştur. Daha sonra bu isim Muratlı’ya dönüşmüştür.
Sultan Murat (Hüdavendigar) ile Trakya’ya geçen; İnan Bey (İnallu oymağı) Balaban Bey, Sevindikli beylerin isimleri; Osman Gazi döneminden beri Timar veya zeamet olarak tatbik edilen sisteme göre fetih karşılı verilen yerlere konulmuş onların devlete bağlılığı sağlanmıştır.
Başka bir rivayete göre de; (Bakınız Ersin TUNALI basılmamış Ed. Fak. Tezi) 1520-1560 yıllarında Kanuni Sulatan Süleyman zamanında Saray kayıtlarında mevcut olan Karesi Beylerinden Karaca cemaatından Murat Bey tarafından kurulduğudur. Sayın Ersin TUNALI’nın Edebiyat Fakültesinde Coğrafya Bölümü’nde kabul edilen doktora tezinde (1964):
Dulkadir oğlu Şehsuvar Bey’in Muratlı’nın kurucusu olduğu belirtilmektedir. Sevindikli çiftliğinin Topkapı Sarayı arşivinde 1546-1549 yılları arasında 1510/42 No’lu belgesinde Rodoscuk (Tekirdağ) sicil defteri 122 yaprağında tescili vardır.
Topkapı Sarayı arşivinde mevcut 6 defterde Rodoscuk Müsellem köy ve çiftlikleri kayıtlıdır. 245 No’lu Rodoscuk Mahkeme-i Şer’iyle sicil defterinde; İnanlı, Kepenekli, Kırkkepenekli, Balabanlı, Ballıhoca, Büyük Karaca Muratlı, Hoca Aydın ve Sevindikli çiftlikleri kayıtları mevcuttur.
Bugün yrı bir shada gelişen ve yerleşime açılan Muratlı ise, 1870 yıllarında tren yolu inşa edildiği esnada 17 haneli bir köydü. 1923-1924 Lozan mübadilleri arasında gelen ve iskan edilen Kocacık yürükleri 1926’da Makedonya’nın Arnavutların ve Türklerin çoğunlukta olduğu Priştine, Geylan, Prezren bölümünden gelen göçmenler, 1931’de Bulgaristan’dan serbest göçmen gelen (Karalomlu yöresi) muhacırları 1934’te Romanya’dan Türk bölgelerinden gelen Kırım Kökenli göçmenler, Trakya Umum Müfettişliğinin ve devletin desteğiyle modern Muratlı’nın kurulmasında yer almışlardır.